Trung tâm Chất lượng và Bảo vệ tài nguyên nước là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia, có chức năng điều tra, đánh giá chất lượng và bảo vệ tài nguyên nước; phân tích, thí nghiệm chất lượng nước; thực hiện các hoạt động tư vấn, dịch vụ trong lĩnh vực tài nguyên và môi trường theo quy định của pháp luật.